ความแตกต่างของลักษณะสิ่งมีชีวิตไม่ใช่ขึ้นอยู่กับพันธุกรรมที่ต่างกันเท่านั้น ส่วนหนึ่งขึ้นอยู่กับอิทธิพลของสิ่งแวดล้อม
สิ่งแวดล้อมมีอิทธิพลต่อลักษณะทางพันธุกรรม แบ่งออกเป็น 2 ลักษณะ
 1.
อิทธิพลจากสิ่งแวดล้อมภายนอก ได้แก่ อุณหภูมิ,แสงสว่าง อาหาร สารเคมี รังสีต่างๆ
 2. อิทธิพลจากสิ่งแวดล้อมภายใน ได้แก่ อายุ เพศ และฮอร์โมน

 ลักษณะทางพันธุกรรมกับสิ่งแวดล้อม
     
ลักษณะที่ถูกควบคุมด้วยยีน
1 หรือ 2 คู่ ภายในนิวเคลียสจะแสดงออกตามกฎของเมนเดล ส่วนลักษณะที่ถูกควบคุมด้วยยีนที่อยู่นอกนิวเคลียส คือยีนที่อยู่ในไซโทพลาซึม จะไม่แสดงออกตามกฎของเมนเดล นอกจากนี้ยังมียีนบางกลุ่มในนิวเคลียส แต่ไม่แสดงออกตามกฎของเมนเดล กลับแสดงลักษณะปรากฏไปตามอิทธิพลของสิ่งแวดล้อม ทำให้เป็นที่สับสนว่า ลักษณะที่ปรากฏให้เห็นนั้น เป็นลักษณะที่ถูกควบคุมด้วยยีนในนิวเคลียสหรือยีนนอกนิวเคลียสกันแน่ บางลักษณะที่ปรากฏเหล่านี้ เป็นความผิดปกติทางฟีโนไทป์ ที่เกิดจากอิทธิพลของสภาวะแวดล้อม เรียกว่า ฟีโนโคปี (phenocopy) โดยเฉพาะอย่างยิ่งถ้าสภาวะแวดล้อมเปลี่ยนไปในช่วงระยะที่เป็นเอ็มบริโอ จะทำให้มีลักษณะผิดไปมาก แต่ถ้าสภาวะแวดล้อมเปลี่ยนไปในช่วงระยะอื่นของการเจริญเติบโตก็จะไม่มีผลต่อการเจริญของสิ่งมีชีวิตนั้นเท่าใดนัก
     ความผิดปกติของฟีโนไทป์ที่เกิดขึ้นเนื่องจากสิ่งแวดล้อมนี้จะเป็นลักษณะเฉพาะตัวของสิ่งมีชีวิตนั้น และไม่สามารถถ่ายทอดไปสู่ลูกหลานได้
     ลักษณะพันธุกรรมที่ควบคุมด้วยยีนน้อยคู่ ซึ่งอาจเป็นเพียง
1 หรือ 2 คู่ การแสดงออกของยีนไม่ผันแปรไปตามอิทธิพลของสิ่งแวดล้อม ฟีโนไทป์ที่ปรากฏให้เห็นเป็นอิทธิพลของยีน และแสดงความแตกต่างอย่างชัดเจน สามารถจัดเป็นหมวดหมู่ได้ ลักษณะพันธุกรรมเช่นนี้ เรียกว่า ลักษณะทางคุณภาพ (qualitative trait) ได้แก่ ลักษณะถั่วลันเตาที่เมนเดลศึกษาซึ่งความสูง มี 2 ลักษณะ คือ ต้นสูงกับต้นเตี้ย ลักษณะเมล็ดเรียบและเมล็ดย่น และลักษณะหมู่เลือด ABO ในมนุษย์ เป็นต้น ส่วนลักษณะพันธุกรรมอีกประเภทหนึ่งที่ถูกควบคุมด้วยยีนหลายคู่ที่เรียกว่า โพลียีน ซึ่งยีนแต่ละคู่จะแสดงผลออกมาน้อย และผันแปรไปตามอิทธิพลของสิ่งแวดล้อม ฟีโนไทป์ที่ปรากฏให้เห็นมีการกระจายตัวของลักษณะเป็นแบบต่อเนื่องไม่สามารถจัดเป็นหมวดหมู่ได้ลักษณะของพันธุกรรมประเภทนี้ เรียกว่า ลักษณะทางปริมาณ (quantitative trait) ได้แก่ น้ำหนักตัว ความสูง เชาวน์ปัญญาในมนุษย์ ผลผลิตต่อไร่ของพืช การออกไข่และการให้น้ำนมในสัตว์ เป็นต้น
     นอกจากนี้ยังมีอีกลักษณะหนึ่ง ที่ถูกควบคุมด้วยยีนหลายคู่ การแสดงออกของยีนไม่เป็นไปตามอิทธิพลของสิ่งแวดล้อม แต่ฟีโนไทป์ยังสามารถจัดเป็นหมวดหมู่ได้ ยีนแต่ละคู่แสดงผลแบบบวกสะสม (
additive effect หรือ cumulative effect) เรียกลักษณะพันธุกรรมเช่นนี้ว่า ลักษณะกึ่งปริมาณ ได้แก่ ลักษณะสีของเมล็ดข้าวสาลี