สิ่งแวดล้อมภายนอก ได้แก่ อุณหภูมิ แสงสว่าง อาหาร สารเคมี รังสีต่างๆ ฯลฯ

อุณหภูมิ มีส่วนสำคัญต่อกระบวนการทางชีวเคมีของร่างกายหรือภายในเซลล์ อันมีผลต่อการเปลี่ยนแปลงของลักษณะที่แสดงออกมา

ตัวอย่างเช่น
    การม้วนของปีกแมลงวัน เมื่ออยู่ในอุณหภูมิ25  ํC ปีกแมลงวันจะอยู่ในลักษณะม้วน(ไม่ตรง) แต่ถ้าหากให้อุณหภูมิลดลงเหลือ 16  ํC พบว่าลูกแมลงวันที่เกิดมาจะมีปีกลักษณะตรง(ไม่ม้วน)
  การเปลี่ยนสีของกระต่ายฮิมาลายัน (Himalayan)และแมวไทย(Siamese cat)กระต่ายฮิมาลายันมีขนตามลำตัวสีขาว ขนตรงและขนบริเวณปลายอวัยวะจะมีสีน้ำตาลไหม้ส่วน แมวไทยบางชนิดมีขนตามลำตัวเป็นสีน้ำตาลอ่อนและขนบริเวณส่วนปลายอวัยวะจะเป็นสีน้ำตาลเข้มเช่นเดียวกัน ทั้งนี้เพราะในบริเวณดังกล่าวมีอุณหภูมิต่ำกว่าอุณหภูมิของร่างกาย
  การเปลี่ยนสีดอกของดอกพุดตาน ดอกพุดตานจะเริ่มแย้มเวลาเช้าตรู่และจะบานเต็มที่ตอนเช้าและสายๆ ในตอนเช้าดอกจะเป็นสีขาวก่อนแล้วค่อยๆเปลี่ยนเป็นสีชมพูอ่อนละเข้มในตอนบ่าย
  การเปลี่ยนสีของดอกพริมโรส(primrose) ดอกพริมโรส ซึ่งเป็นดอกไม้ในแถบประเทศที่มีอากาศหนาว ปกติดอกจะมีสีแดง แต่ถ้าอุณหภูมิสูงขึ้นจะค่อยๆ เปลี่ยนเป็นสีขาว(ที่อุณหภูมิประมาณ 30  ํC) 

แสงสว่าง เป็นสิ่งแวดล้อมที่มีอิทธิพลต่อการสร้างคลอโรฟิลล์ และการสร้างสี

ตัวอย่างเช่น
  
การสังเคราะห์คลอโรฟิลล์ของใบพืช แม้ว่าเซลล์พืชจะมียีนที่ควบคุมการสังเคราะห์คลอโรฟิลล์ก็ตาม แต่ถ้าถ้าให้พืชเจริญเติบโตในที่มืด พบว่าใบพืชจะเป็นสีเหลืองไม่เป็นสีเขียว แสดงว่าเซลล์พืชไม่สามารถสังเคราะห์คลอโรฟิลล์ได้
  การสร้างสีของเมล็ดข้าวโพดบางพันธุ์ ในที่ไม่มีแสงแดดเมล็ดข้าวโพดจะไม่มีสีแต่ถ้าหากข้าวโพดได้รับแสงอย่างเพียงพอจะสามารถสร้างสีได้
 

 

อาหาร มีอิทธิพลต่อการแสดงออกมาของยีน

ตัวอย่างเช่น
  
การสร้างไขมันสีเหลืองของกระต่าย กระต่ายสามารถสร้างไขมันสีเหลืองได้ก็ต่อเมื่อมีองค์ประกอบของยีนและมีอาหารที่เหมาะสม ถ้าหากขาดอย่างใดอย่างหนึ่งไปแล้วไขมันที่สร้างขึ้นมาจะไม่เป็นสีเหลือง